虽然苏云金杆菌杀虫晶体蛋白是现今最为成功的生物防治昆虫的方法，但科学家也希望开发其它种类的生物性杀虫剂，一方面可填补杀虫晶体蛋白的不足，再者也可以做为作物害虫防治时，轮替使用的管理策略。目前其它可用的生物性防治昆虫的工具有：杆状病毒、虫生真菌及虫生线虫等。苏力菌杀虫晶体蛋白的主要标的是昆虫的幼虫，对成虫是没有作用的，因此开发其它生物性防治昆虫成虫的方法确有其必要。杆状病毒、虫生真菌以及虫生线虫都能感染昆虫成虫，这些生物防治制剂与杀虫晶体蛋白具有相辅相成的作用。 
    杆状病毒：杆状病毒对昆虫的感染有极高的专一性，其它动物不会成为杆状病毒的标的。虽然如此，病毒对标的昆虫的致死力却十分缓慢，故杀虫效果不佳。为了弥补这个缺点，科学家已利用遗传工程技术，将其它毒素基因或激素基因选殖进入杆状病毒内。在病毒感染标的昆虫的同时，选殖在病毒内的毒素或激素便可在标的昆虫体内大量合成，因而可加速昆虫的致死时间。北非毒蝎的神经毒素基因转殖入杆状病毒就是一个颇为成功的例子。此外科学家又把昆虫的变态青春激素基因选殖入杆状病毒，经感染后，标的昆虫因受到激素的刺激而开始进行变态作用，导致昆虫停止进食，因而达到生物防治的目的。 
    虫生真菌：由于虫生真菌对昆虫有极高的感染专一性，很多对杀虫晶体蛋白没有作用的昆虫，虫生真菌可对其产生毒害作用，因此是杀虫晶体蛋白的一种互补性代用品。常用的虫生真菌及其作用有：黑殭菌—─作用于叶蝉；绿僵菌—─作用于大尾熊蝉；紫殭菌—─作用于蜘蛛；青霉菌—─作用于金花虫；虫霉菌—─作用于蚊虫；以及冬虫夏草菌—─作用于蝇类昆虫等。 
    虫生线虫：每一种虫生线虫都会与一种属肠细菌科的细菌共生，利用虫生线虫的保护，肠内共生菌可顺利进入昆虫体内，而避免了昆虫对细菌的抗性作用。进入昆虫后，肠内共生菌会在昆虫的血体腔中大量繁殖，致使昆虫死亡，并分解昆虫组织，以做为线虫的食物来源。这样的共生系统也是一种生物防治昆虫的好方法。